Slechts weinig mensen weten dat een halal-certificaat ook afgegeven kan worden voor opslagruimten en loodsen. In 2006 werden in de haven van Rotterdam de eerste halal-loodsen geopend. Een halal-certificaat voor opslag is van belang op het moment dat halal- en niet-halal-producten in dezelfde ruimte opgeslagen worden. Menigeen zal stellen dat de meeste producten verpakt zijn en dat doorgaans geen kruisbesmetting plaats kan vinden. Hier is natuurlijk wat voor te zeggen. Het gaat echter om een voorzorgsmaatregel ter voorkoming van bepaalde fouten, zoals het openscheuren van verpakkingen bij het orderpicken of de verwisseling van producten. Het principe achter het certificeren van opslagruimten is “beter voorkomen dan genezen”. Verder kunnen landen zoals Maleisië en Indonesië een halal-certificaat eisen alvorens gebruik te maken van een loods.

Bij de controle van een ruimte wordt gelet op de indeling van de ruimte en worden de bedrijfsprocessen bestudeerd. Hierbij gaat het vooral om het verkrijgen van inzicht in de manier waarop producten de opslagruimte binnenkomen en vervolgens ook weer verlaten. Op basis hiervan kan worden bepaald of en zo ja, welke aanpassingen nodig zijn om ervoor te zorgen dat halal- en niet-halalproducten gedurende het proces van elkaar gescheiden blijven.